基于紫外光谱-支持向量机对STR的基因分型

摘要：

利用紫外光谱结合支持向量机(SVM)模式识别原理建立了短串联重复序列(STR)的分型方法.以D5S818基因座的10-10、11-13和13-13三个基因型为研究对象,优化了包含该多态性位点的DNA片段的聚合酶链反应(PCR)的扩增条件和紫外光谱检测条件,获得了优化条件下的待测样本紫外光谱.以该光谱为识别变量,建立了该3类基因型的SVM判别模型,有效地克服了光谱共线性,模型预测率100%.该方法无需任何检测前处理,只需一步PCR扩增和紫外光谱检测即可实现STR的基凶分型,具有简单、快速、低成本等优点.

关键词：短串联重复序列、紫外光谱、支持向量机、基因分型

所属期刊栏目：30

分类号：O433.4;Q524(光学)

资助基金：国家大学生创新性实验计划资助项目57315425

在线出版日期：2011-06-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：336-339