通过生物信息学筛选头颈部鳞状细胞癌差异表达基因及相关生物学特性分析

摘要：

目的 利用生物信息学方法 ,筛选出与头颈鳞状细胞癌发生发展相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),进而寻找出有助于头颈鳞状细胞癌早期诊断和预后的分子生物标志物.方法 整合3个GEO数据库,筛选DEGs,进行GO(gene ontology)功能注释及KEGG(the Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes)通路富集分析,构建蛋白质-蛋白质作用网络(protein-protein interaction,PPI),提取关键基因,验证其差异表达水平及与预后的关系.结果 从数据集中共筛选出39个上调基因和44个下调基因;GO分析发现上调的DEGs生物学功能主要是细胞外基质结构活性、结构分子活性等,下调的DEGs主要与代谢、结构分子活性等有关.KEGG分析表明上调的DEGs主要在PI3k-Akt信号通路、粘着斑;下调的DEGs主要集中在化学致癌、药物代谢-细胞色素P450途径.通过PPI筛选出4个关键基因MMP1、PLAU、RBP1、SEMA3C与头颈鳞状细胞癌的无病生存期显著相关,且高表达组的预后显著差于低表达组.结论 本研究筛选出MMP1、PLAU、RBP1、SEMA3C与头颈鳞状细胞癌的发生发展和预后相关,为临床诊断和治疗提供了新的靶点.

关键词：癌、鳞状细胞、预后、生物信息学、差异表达基因、生物标志物

所属期刊栏目：27

资助基金：国家自然科学基金资助项目81702706

在线出版日期：2020-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：377-381