基于Profile比对的改进星比对算法

摘要：

多序列比对在序列分析研究中起着重要的作用,包括功能重要位点的识别和系统发育分析等问题.目前大多数比对软件都使用渐进比对或迭代比对的策略,但两种策略都具有较高的时间复杂度,因此难以处理长序列和大规模序列的比对问题.而星比对虽然具有很低的时间复杂度,但精度并不理想,目前只适用于相似度非常高的序列.针对此问题,引进了渐进比对中的profile比对来改进星比对算法的精度,同时避免大幅度地增加星比对的时间复杂度.最后,通过实验证明了改进的星比对算法可以有效地提高比对的精度.

关键词：星比对、多序列比对、profile比对、渐进比对

所属期刊栏目：51

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金

在线出版日期：2022-06-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：353-356