增生性瘢痕与正常皮肤组织差异表达基因的筛选与生物信息学分析

摘要：

目的：比较人增生性瘢痕与正常皮肤组织中mRNA表达谱的差异，并对差异基因行生物信息分析，从分子水平全面探讨增生性瘢痕的发病机制，为临床治疗提供新靶点。方法收集我院手术切除增生性瘢痕及其邻近正常皮肤组织各3例，采用Trizol试剂提取总RNA，进行mRNA芯片检验，利用Genespring 10.0软件筛选表达差异基因，并对增生性瘢痕和正常皮肤组间组内行聚类分析，应用DAVID Bioinformatics Resources 6.7对差异基因进行基因本体（GO）、生物学通路（Pathway）分析，获得差异基因相关功能的功能富集类。结果人增生性瘢痕与正常皮肤组织相比较，3例样品重复一次相对表达量比值在2倍以上变化的mRNA有6126条，2倍以上上调的mRNA共3142条，2倍以上下调的mRNA共2984条，5倍以上上调的mRNA共28条，5倍以上下调的mRNA共44条；重复两次相对表达量比值在2倍以上变化的mRNA有6042条，2倍以上上调的mRNA共3004条，2倍以上下调的mRNA共3038条，5倍以上上调的mRNA共25条，5倍以上下调的mRNA共38条；其中3例样品都上调的mRNA有3832条，2倍以上上调的1920条，2倍以上下调的1912条，5倍以上上调的18条，5倍以上下调29条。CDKN1C，CDKN2A， CTNNA3，COL6A3，HOXB4等差异表达基因与细胞周期、细胞增殖、以及细胞粘附等生物学过程密切相关，TGFβ1，CDKN1C， CDKN2A，CDC14A，ITGB6，EGF等差异表达基因主要参与黏着斑形成、b转化因子信号通路、细胞周期信号通路、P53信号通路、肿瘤相关信号通路。结论人增生性瘢痕与正常皮肤组织比较，mRNA表达谱发生了明显变化，TGFβ1，SMAD2，SMAD7， BAX，IGF，COL1A1，COL1A2，MMPs，CDC14A，ITGB6，EGF，CDKN1C，CDKN2A，CTNNA3，HOXA3等相关基因参与的生物过程、分子功能、信号通路可能与增生性瘢痕的发生发展密切相关。

关键词：增生性瘢痕、基因、芯片、生物信息

分类号：R73;R61

资助基金：国家自然科学基金81060323@@@@Supported by National Natural Science Foundation of China 81060323

在线出版日期：2014-08-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：939-944