猪圆环病毒2型主要蛋白编码序列的密码子偏性分析

摘要：

为进一步了解猪圆环病毒2型(PCV2)分子进化特点,以PCV2主要蛋白编码序列ORF1和ORF2为研究对象,对74株不同亚型(2a-2e)PCV2进行核酸组成、相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)、中性绘图和密码自适应指数等生物信息学分析,以了解PCV2密码子使用模式及其影响因素.结果显示,相比AU含量,PCV2 GC含量较低(低于50％),但更倾向于使用以C和U结尾的密码子;RSCU值和对应分析显示在密码子使用上,各亚型PCV2间差异较小,但PCV2各亚型与寄主Sus.s间则存在较大的差异;ENC分析和中性分析显示,相比突变压力,各亚型PCV2密码子使用模式受到较大程度的自然选择的影响;CAI值分析结果进一步确定,相比PCV2 c和PCV2 e,PCV2 a、2 b和2 d在密码子使用上更适应其寄主.论文揭示了自然选择是影响PCV2密码子使用模式的重要因素,并分析了影响各PCV2亚型流行的因素,该结果有助于PCV2分子进化的研究和理解该病毒在其寄主内翻译的机制.

关键词：猪圆环病毒2型、亚型、基因、密码子、密码子偏性

所属期刊栏目：43

分类号：S852.651;S858.28(动物医学（兽医学）)

资助基金：河南省农业科学院自主创新专项基金项目2020ZC55

在线出版日期：2022-05-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：36-41