不同物种聚集蛋白聚糖基因编码区生物信息分析

摘要：

用比较基因组学和生物信息学方法分析人、猕猴、白顶白眉猴、牛、家犬、野猪、羊驼、绵羊、雪貂、褐家鼠、小家鼠、灰仓鼠和原鸡共13个物种的聚集蛋白聚糖(aggrecan)基因编码区(coding regions,CDS)的遗传多样性,并对该基因编码蛋白的氨基酸序列、理化性质、信号肽和蛋白质二级结构进行预测,为建立脊柱退行性病变的动物模型提供理论支持和基础资料.所研究13个物种的50条基因序列中共检测到多态位点3081个,其中有单一多态位点88个,占全部多态位点的百分率约为1.60％,检测到单体型22种.组成聚集蛋白聚糖核心蛋白(aggrecan core protein)的氨基酸表现为亲水性、理论等电点均小于7、肽链的不稳定系数在44.59～53.92,13个物种的aggrecan核心蛋白氨基酸序列中含有信号肽,但物种间氨基酸序列信号肽的裂解位点存在差异;蛋白质的二级结构主要以无规则卷曲、延伸主链和α-螺旋形式存在,三者所占比例分别为59.84％～69.14％、23.56％～30.06％和5.70％～10.10％,未发现其他二级结构.研究表明aggrecan基因编码区在种内表现较为保守,种间则表现有较丰富的遗传多样性,所编码蛋白属于分泌蛋白,多肽链为酸性且不稳定,蛋白质二级结构无特殊表现.

关键词：物种、聚集蛋白聚糖、aggrecan基因、椎间盘退变、生物信息

所属期刊栏目：39

分类号：Q78(基因工程（遗传工程）)

在线出版日期：2019-01-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：104-109