猪流行性腹泻病毒山西分离株全基因组序列分析
用RT-PCR扩增分离的一株PEDVCH-SXCH11-2015的全基因组序列,测序拼接后,进行了序列分析.CH-SXCH11-2015全长28038bp比CV777长5bp,与BJ-2011-1同源性最高,为98.9%;与LZC、SM98同源性最低,为96.6%.S基因全长均为4 161 bp,突变主要发生在S1区,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015核苷酸同源性与BJ-2011-1和CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.9%,与SM98同源性最低为93.6%,与CV777、CV777vaccine同源性分别为94.2%和93.8%.CH-SXCH11-2015 S基因氨基酸同源性与CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.3%,与CV777vaccine、SQ2012同源性最低为91.8%,与CV777的同源性为92.9%.ORF3基因全长均为675 bp,无核苷酸插入和缺失,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CH/HBQX/10核苷酸同源性最高,为99.3%,与CV777 truncated核苷酸同源性最低,为90.6%.CH-SXCH11-2015的ORF3基因推导的氨基酸与(CH/HBQX/10、CH/S、CH/SHH/06、 CH/TJ-2012、CH/ZKXH/11、CPF299、GZGY-10、PFF188、PFF285)同源性最高,为98.7%;与CV777 truncated毒株最低,为88%.CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CV777、attenuated DR13的核苷酸同源性分别为96.6%和97.6%,氨基酸同源性分别为95.1%和97.1%.遗传进化分析表明,CH-SXCH11-2015全基因组、S基因、ORF3基因与2010年以后我国分离的毒株亲缘关系较近,与CV777、2个疫苗株(attenuated DR13、CV777vaccine)的亲缘关系较远.
猪流行性腹泻病毒、全基因组序列、序列分析
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S852.65(动物医学（兽医学）)
山西省科技攻关项目20140311020-2-A;山西省科技攻关项目20150311018-3
2017-07-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共7页
6-12
