噬菌体 vB-EcoP-Bp4尾部蛋白基因的密码子使用偏性分析

摘要：

为了解噬菌体vB-EcoP-Bp4(简称Bp4)尾部蛋白基因的密码子使用特性,利用生物信息学方法对 N4类噬菌体 Bp4的3个尾部蛋白基因 gp10、gp11、gp13与其他5株同源性较高的噬菌体进行密码子偏性分析。结果表明,噬菌体 Bp4尾部蛋白基因与其他5株噬菌体尾部蛋白基因密码子使用模式基本一致,偏爱以 A 或 U 的密码子结尾；除了 AUG(M)和 UGG(W)外,针对 Bp4的3个尾部蛋白基因 gp10、gp11、gp13分别确定了14种、17种及16种高频密码子。通过6株噬菌体尾部蛋白基因密码子偏性比较和聚类分析发现,Bp4可预测蛋白 gp10与 ECBP1最相近,尾丝蛋白 gp11 与 EC1-UPM、PhAPEC5较相近,而尾刺蛋白 gp13与 ECBP1、EC1-UPM 最相近。本研究发现噬菌体 Bp4尾部蛋白基因密码子使用的偏性结果与同源性高低相一致,将为进一步研究噬菌体 Bp4提供依据。

关键词：噬菌体、尾部蛋白、密码子偏性

所属期刊栏目：37

分类号：S855.3(动物医学（兽医学）)

资助基金：山东省自然科学基金项目ZR2015CM020,ZR2013CQ024

在线出版日期：2016-08-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：21-29