基于宏基因组学的鸭源样本中坦布苏病毒检测方法的建立

摘要：

利用二代高通量测序技术建立检测鸭源样品中坦布苏病毒的方法。首先将样品过滤和经核酸酶处理，再利用等温链位移扩增（SPIA）技术快速制备样品总 cDNA，最后经磁珠纯化和文库构建后，通过Ion Torrent 进行高通量测序获得基因组信息。结果显示，通过 SPIA 扩增和核酸文库制备的优化，可从微量病原样本中获得327 pmol／μL 的核酸文库样本。Ion Torrent 测序共获得1725436条 reads，约6．2 M 数据，平均109 bp。数据拼接并 Blast 发现，病原样品的核酸序列可注释鸭坦布苏病毒全部基因组数据，与首次发生在我国的鸭坦布苏病毒 BYD-1株参考序列的同源性为100％。将所测病毒序列与其他5种黄病毒科成员进行同源性比对，发现与近3年发生在我国的鸭坦布苏病毒同源性最高，在98％以上。且 NS 基因进化树分析与鸭坦布苏病毒处于同一分支上，符合鸭坦布苏病毒特征。本研究建立的基于未知病原 SPIA 扩增结合高通量测序检测方法，可同步获知坦布苏病毒基因的核酸信息。

关键词：宏基因组学、鸭坦布苏病毒、二代测序

所属期刊栏目：37

分类号：S852.659.6;S852.657(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家质检总局科研项目2013IK038

在线出版日期：2016-05-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：24-29