绵羊肺腺瘤病毒NM株囊膜蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位预测

摘要：

利用生物信息学预测绵羊肺腺瘤病毒(OPAV) NM株囊膜蛋白优势抗原表位,为寻找用于绵羊肺腺瘤病诊断和预防的候选抗原表位提供参考.参照OPAV-NM株env基因序列(登录号:JQ837489),应用Gamier-Robson方法、SOPMA方法和网络服务器PSIPRED、Predictprotein预测OPAV-NM株囊膜蛋白的二级结构.用Kyte-Doolittle方法预测蛋白质的疏水区和亲水区,用Emini方法预测蛋白质表面可能性,以Jamson-Wolf方法预测蛋白的抗原指数,利用Bcepred、IEDB、ABCpred网络服务器预测囊膜蛋白的抗原性,然后综合评价囊膜蛋白的B细胞抗原表位.结果表明,囊膜蛋白(ENV)二级结构丰富,α螺旋和β折叠所占比例相对较多,也具有多处转角及无规则卷曲区域,提示OPAV-NM囊膜蛋白具有较多的优势抗原表位区段.这些优势抗原表位分别为第52～76,101～110,118～165,182～196,201～215,281～305,309～332,335～356,461～476,530～574位氨基酸,其中第461～476位和第530～574位的部分氨基酸序列位于胞外区,且第530～574区段位于en-OPAV和ex-OPAV的囊膜氨基酸序列的差异区,该段氨基酸序列对绵羊肺腺瘤病毒疫苗和诊断方法的研究有重要意义.

关键词：绵羊肺腺瘤病毒、囊膜蛋白、B细胞表位、二级结构

所属期刊栏目：34

分类号：S852.659.3;Q789(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家自然科学基金项目31160493,30960271;内蒙古科技创新引导基金项目20101808;教育部博士点基金博导类项目20111515110008

在线出版日期：2013-03-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：29-33