猪细小病毒自然弱毒N株VP1基因的扩增与序列分析

摘要：

对猪细小病毒自然弱毒N株(PPV-N株)VP1基因扩增及测序,利用生物信息学技术预测VP1蛋白的二级结构与B细胞抗原表位,以及分析该蛋白的氨基酸差异位点及密码子偏爱性.结果表明,PPV-N株VP1基因与弱毒参考毒株NADL-2 VP1基因同源性最高,亲缘关系最近.PPV-N株VP1蛋白的二级结构较为复杂,以β-折叠为主,并有较多的转角和无规则卷曲区域,在序列的20～56、61～80、86～130、136～188区域为B细胞抗原表位的优势区域.PPV强、弱毒株VP1蛋白存在5个氨基酸差异位点(T-365-I,G-528-D,Q-533-H,P-586-S,K-715-R),这些位点处氨基酸残基抗原性与毒力成正相关.PPV-N株VP1蛋白在A、C、E、G、H、I、K、N、Q、R、S、T、V和Y氨基酸于密码子选择上存在一定的偏爱性.

关键词：PPV-N株、VP1基因、扩增、生物信息学分析

所属期刊栏目：29

分类号：S852.659.2;S858.28(动物医学（兽医学）)

资助基金：广西科学基金项目桂科自0728102

在线出版日期：2009-01-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：5-9