基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析
为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、 系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记.结果显示:通过聚类、 从头组装和拼接,获得Unigene共计106084条.所有的Unigene中,共识别17619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10893条,占总Unigene的10.27％.江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在.其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7102个),占总SSR位点数的40.31％.江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2788个位点,占总SSR位点的15.82％.江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24％.
江鳕(Lota lota)、转录组、RNA-seq、SSR、位点信息
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S917.4(水产基础科学)
农业农村部农业行业标准制定和修订项目181721301092371106;浙江海洋大学2016 - 2017 年度人才引进科研基金;浙江省重点研发计划项目2019C02056
2019-12-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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