实时定量PCR测定(鮰)爱德华氏菌隐蔽质粒的拷贝数

摘要：

为测定(鮰)爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)隐蔽质粒的拷贝数, 并探究不同基因组制备方式及定量策略对质粒拷贝数测定的影响, 分别采用试剂盒和水煮法制备(鮰)爱德华氏菌基因组, 通过绝对定量和相对定量PCR测定两种不同总DNA制备方式下的隐蔽质粒拷贝数, 同时测定试剂盒对染色体DNA和质粒DNA的回收率.结果显示, 以试剂盒提取的总DNA测得的pEI1和pEI2拷贝数绝对定量和相对定量分别为3.63 ± 0.30、 5.04 ± 0.18和4.22 ± 0.15、 5.13 ± 0.50, 显著低于以水煮法测得的pEI1 和pEI2 拷贝数的绝对定量11.84 ± 0.80、 11.70 ± 0.25和相对定量13.85 ± 1.64、 11.90 ± 0.97.回收率结果显示, 试剂盒对染色体DNA的回收率(45.8 ± 4.1)% ,显著高于对质粒pEII的回收率(25.1 ± 0.5)%和pEI2的回收率(31.3 ± 1.7)% .结果表明: 通过实时定量PCR测定(鮰)爱德华氏菌隐蔽质粒的拷贝数时, 基因组的制备以水煮法为宜,(鮰)爱德华氏菌隐蔽质粒pEI1和pEI2均属于中拷贝质粒.

关键词：(鮰)爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)、隐蔽质粒、质粒拷贝数、实时定量PCR

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分类号：S941.4(水产保护学)

资助基金：农业部淡水生物多样性保护重点实验室开放课题LFBC0910;江苏省人兽共患病学重点实验室项目R1510;上海市科技兴农重点攻关项目2015HNG1-9;国家自然科学基金项目31671313

在线出版日期：2018-08-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：63-70