基于转录组数据的银鲴微卫星位点筛选

摘要：

采用Illumina高通量测序技术对银鲴(Xenocypris argentea)肝脏组织进行转录组测序分析, 筛选微卫星标记并进行多态性检验.共获得7 272个微卫星位点.随机选取48个4碱基以上重复类型的SSR位点进行引物设计和PCR验证, 有47对可以扩增出清晰稳定的条带.在上述47个位点中随机选择26对在洞庭湖银鲴群体中进行多态性分析, 结果表明, 具有多态性的微卫星引物为21对.不同多态位点得到的等位基因数范围为3~15, 平均基因数为7.29 ±3.94, 观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)以及香浓-威尔指数(H)平均值分别为0.532 7 ± 0.211 4、 0.613 6 ± 0.196 4、 0.564 6 ± 0.198 0和1.302 0 ± 0.577 9. 21个微卫星位点中,有6个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE).

关键词：银鲴(Xenocypris argentea)、转录组测序、微卫星标记、多态性

所属期刊栏目：48

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：河南省科技攻关项目162102110053

在线出版日期：2018-08-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：23-29