乌鳢和斑鳢EST序列微卫星信息分析

摘要：

乌鳢( Channa argus,♂)、斑鳢( Channa maculatus,♀)是杂交鳢“杭鳢1号”的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析,结果表明,通过转录组测序获得乌鳢EST序列59959条,长度45 mb,发现15428个SSR,出现频率为25．73%；获得斑鳢EST序列44337条,长度27 mb,发现8439个SSR,出现频率为19．03%。在乌鳢和斑鳢EST-SSR中,重复单元以1~2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RP-KM均值要低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。

关键词：乌鳢(Channa argus)、斑鳢(Channa maculatus)、EST序列、微卫星

所属期刊栏目：46

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：浙江省水产农业新品种选育重大科技专项2012C12907-7

在线出版日期：2016-06-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：16-22