基于转录组测序的兴国红鲤微卫星标记筛选

摘要：

采用Illumina高通量测序技术，对兴国红鲤（ Cyp rinus carpio var．singuonensis）垂体和性腺等组织进行转录组测序分析，筛选微卫星标记并分析其组成及特征。结果显示：共获得13652个微卫星标记，对所得位点进行分类，单核苷酸重复类型占47.86％，二、三、四、五、六核苷酸重复类型所占比例分别为34.43％、16.32％、1.25％、0.12％以及0.02％。随机选取30个SSR位点进行PCR验证，有20对可以扩增出清晰稳定的条带。在24个兴国红鲤个体中对上述位点进行多态性分析，结果表明，具有多态性的微卫星引物为9对。不同位点得到的等位基因范围为2～4，平均等位基因数为3.1111±0.9938，观测杂合度（ Ho）、期望杂合度（ He）以及多态信息含量（ PIC）平均值分别为0.5972±0.2332、0.5397±0.1780和0.4672±0.1721。9个微卫星位点中，有4个显著偏离哈代-温伯格平衡（Hardy-Weinberg equilibrium， HWE）（P＜0.05）。 Illumina高通量测序提供了一种直观、高效开发微卫星标记的方法，所选兴国红鲤群体遗传多样性维持较好。

关键词：兴国红鲤(Cyprinus carpio var.singounensis)、高通量测序、微卫星标记

所属期刊栏目：46

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：国家高技术研究发展计划项目课题一2011AA100401

在线出版日期：2016-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：24-28