鱼类环境 DNA 研究中通用引物的筛选验证

摘要：

为了筛选一个通用性和适用性良好的能够运用于环境DNA（ eDNA）研究的鱼类引物，从相关文献中选取了鱼类线粒体基因组部分片段的5对引物，分别对线粒体D-loop区、16S rRNA基因、 COI基因以及Cytb基因部分片段进行扩增。对千岛湖48种鱼类基因组DNA进行扩增后比较发现，引物16 s和COI均可以取得良好的扩增效果，通用性优于其他几对引物。引物16s的扩增产物经凝胶电泳检测均出现明亮的目的条带，引物COI则有3种鱼的条带经凝胶电泳检测亮度较暗。利用上述引物对环境样品eDNA扩增时发现，只有16s和COI的引物具有良好的扩增效果，能够得到明显单一的亮带。对该两种引物的PCR产物克隆后测序比对发现，16s的PCR产物均为千岛湖常见鱼类物种的基因片段， COI的PCR产物则为细菌COI基因的部分片段。综上，我们认为引物16s在通用性和适用性上都更为适合作为鱼类群落结构eDNA研究的通用引物。

关键词：引物筛选、线粒体标记、环境DNA、千岛湖

所属期刊栏目：46

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：公益性行业农业专项“湖泊水库养殖容量及生态增养殖技术研究与示范”201303056；教育部博士点基金项目20123104110002；上海市高校知识服务平台项目ZF1206

在线出版日期：2016-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：9-17