基于胡鲇科和鲇科ESTs序列初步筛选兰州鲇EST-SSR分子标记

摘要：

利用SSRHunter软件对现已公布的鲇形目( Siluriformes )中胡鲇科( Clariidae )和鲇科( Siluridea )共2002 条EST( Expressed Sequence Tag)序列筛选兰州鲇( Silurus lanzhouensis)微卫星标记, 并分析其序列丰度和分布特征.结果共发现209个微卫星序列, 占整个ESTs数据库的10. 44%; 其中三碱基重复序列数量最多, 占ESTs 数据库中发现微卫星序列总数的35. 62%; 二、 四、 五、 六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的28. 31%、 25. 57%、7. 76%、 2. 74%. 根据侧翼序列, 设计125对引物, 随机选取58对进行扩增鉴定及多态性筛选. 结果显示29对引物能稳定扩增, 16对引物具有多态性, 每个位点等位基因数2~7个(平均3. 75), 观测杂合度(Ho)0. 133 2~0. 732 2(平均0. 405 1), 期望杂合度(He)0. 198 2 ~0. 848 3(平均0. 560 2), 多态信息含量(PIC)0. 124 1 ~0. 794 5(平均0. 506 5). 研究表明, 借用已有鲇形目鱼类ESTs数据库筛选到的兰州鲇微卫星标记质量较好, 可为兰州鲇种质资源保护、 微卫星连锁图谱构建、 经济性状的QTL定位及分子标记辅助育种奠定基础.

关键词：兰州鲇(Siluruslanzhouensis)、微卫星标记、表达序列标签(EST)、特征分析

所属期刊栏目：45

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：国家自然科学基金项目31360633;宁夏对外科技合作项目

在线出版日期：2015-11-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：19-23