基于 Mi－Seq 高通量测序分析裸体异鳔鳅鮀微卫星组成

摘要：

利用 Mi－Seq 高通量测序法，分析长江上游特有鱼类裸体异鳔鳅（Xenophysogobio nudicorpa）的基因组微卫星序列，观察其微卫星的组成及其特征。结果显示：在所测得的2到5碱基微卫星重复单元中，两碱基重复所占比例最多（83．15％），其中又以 AC／TG 类型为主。 AAT 和 ATC 是三碱基重复单元出现频率最多的，比例分别为56．01％和13．46％，高于其他六种类型的总和。四碱基重复单元占所有微卫星序列比例的2．73％， AAAG、AAAT 和 AGAT 三种类型出现的次数最多。五碱基重复单元中，只发现3种重复序列，并且重复次数仅在1～2次内。使用引物设计软件 Primer Premier Version 5．0设计引物，选择合成50对，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，筛选出具有多态性的微卫星引物共23对。实验还对裸体异鳔鳅基因组微卫星各碱基重复单元的长度进行了分析，结果表明裸体异鳔鳅微卫星主要集中在12～20 bp 的范围内，占比91．53％。分析认为，在趋同选择的压力下，重复序列有向较短序列进化的趋势。

关键词：高通量测序、碱基重复单元、微卫星序列、裸体异鳔鳅鮀(Xenophysogobio nudicorpa)

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：中国长江三峡集团公司资助项目0799527

在线出版日期：2015-02-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：3-7