长江草鱼群体MHC Class II B的多态性和进化分析

摘要：

克隆及测序草鱼(Ctenopharyngodon idella)长江3个群体的主要组织相容性复合体(MHC)Class II B基因编码β1和β2区的第2和第3个外显子及两个外显子之间的内含子,分析了草鱼MHC的进化模式和种群遗传结构.结果显示:实验共定义了34个等位基因,每条序列包括长为130～136 bp的第2个外显子,长为218 bp的第3个外显子以及长81～371 bp的内含子.序列分析揭示,第2个外显子有106个核苷酸变异位点(78%)和40个氨基酸变异位点(88%),而第3个外显子有100个核苷酸变异位点(45%)和41个氨基酸变异位点(56%),β1变异要大于β2区.用β1和β2区序列分别构建的邻接(NJ)系统树均显示5个具有高支持率的谱系,结合序列变异特点和内含子长度,推测草鱼至少存在5个MHC Class II座位.分别计算β1的肽结合位点(PBR)、非肽结合位点及β2的非同义替换率(dN)和同义替换率(dS),PBR的dN/dS为2.03(P<0.05),非肽结合位点和β2则小于1,表明草鱼MHC受到歧化选择作用.根据等位基因在群体中的分布频率作分子方差分析(AMOVA),得出FST为0.37%,提示长江草鱼MHC没有遗传分化.

关键词：草鱼(Ctenopharyngodon idella)、主要组织相容性复合体(MHC)、遗传变异、进化模式

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分类号：S931.5;Q173(水产资源)

资助基金：农业部淡水鱼类种质资源与生物技术开放实验室第6期开放课题资助;中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金;国家自然科学基金重大项目30490234

在线出版日期：2011-01-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：14-21