10.16016/j.2097-0927.202210142
筛选影响结肠癌预后的焦亡相关lncRNA和基因
目的 通过生物信息学方法,寻找结肠癌中具有预后意义的焦亡相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和基因.方法 从TCGA数据库中下载结肠癌患者的基因测序和临床数据,并将筛选出的446例患者采用分层随机抽样法分为训练组(n=224)和验证组(n=222),通过共表达和差异分析筛选表达有差异的焦亡相关lncRNA.根据患者风险评分中位值分为高低风险组,进行生存分析.在训练组中,通过单因素、多因素COX分析和LASSO回归分析构建预后模型,利用Kaplan-Meier生存分析、ROC曲线、单因素、多因素COX回归来评价上述模型,并绘制列线图预测样本生存情况.将验证组和全组样本代入模型进行验证.共表达分析、突变分析、差异分析筛选焦亡相关基因,并进行免疫组化表达验证.结果 筛选出5个预后相关lncRNA(MIR181A2HG、AP003555.1、LINCO2257、ALMS1-IT1、AL137782.1),高风险组的结肠癌患者生存率较低风险组更低,该风险评分可作为结肠癌患者独立预后因素(P＜0.01).根据年龄、性别、TMN分期和风险评分等预后相关因素构建列线图,可较准确预测患者1、3、5年生存率.最终筛选得到5个焦亡相关基因(SCAF11、IL1A、PJVK、CHMP2A、CHMP6).并选择SCAF11做免疫组化实验,结果显示SCAF11在结肠癌组织中高表达.结论 成功构建预后模型,筛选出5个焦亡相关lncRNA和5个焦亡相关基因,并通过免疫组化验证SCAF11在结肠癌组织较癌旁组织表达量高.
焦亡、结肠癌、预后模型、生物信息学
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R394.3;R730.23;R735.35
2023-05-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共10页
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