人Sox10基因启动子区高甲基化的预测和验证

摘要：

目的 运用生物信息学方法预测人Sox10基因启动子区甲基化情况并进行实验验证.方法 从GenBank 获取人Sox10基因序列,利用Methyprimer 11.0软件、Li lab、CpG Island Searcher预测其启动子区CpG岛.进一步运用甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)和重亚硫酸盐测序(bisulfite sequencing PCR,BSP)方法检测人Sox10基因启动子区CpG岛在多形性胶质母细胞瘤和瘤周组织中的甲基化情况.结果 经过生物信息学分析发现,人Sox10基因启动子区存在2个CpG岛,分别为165 (1241～1405) bp和105(1 478～1 582) bp.针对这两个CpG岛设计引物行MSP和BSP实验,研究发现,在人多形性胶质母细胞瘤和瘤周组织中Sox10基因启动子区CpG岛均出现部分甲基化,其中在多形性胶质母细胞瘤中的甲基化率为90.5％,在瘤周组织中的甲基化率为28.5％.结论 本研究证实了人Sox10基因启动子区CpG岛在多形性胶质母细胞瘤中出现高甲基化,提示其表达下调可能受甲基化调节.

关键词：人Sox10基因启动子区甲基化、生物信息学分析、MSP、BSP、人多形性胶质母细胞瘤

所属期刊栏目：35

分类号：R394-33;R394.3

资助基金：the National Natural Science Foundation of China31100771;the Natural Science Foundation of Chongqing2011jjA10029.国家自然科学基金31100771;重庆市自然科学基金2011jjA10029

在线出版日期：2013-11-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：2168-2171