一种新的DNA序列进化距离的修正方法

摘要：

进化树是推演生命历史的一个重要工具.在构建进化树的所有算法中,基于进化距离的算法是其中研究的重点.但是,这一方法较为严重地依赖着距离矩阵的质量.人们开发了多种基于生物事实的进化模型来改进距离矩阵的构建过程,很大程度上提高了进化距离的准确性.同时,也提出了许多方法来检测距离矩阵的质量.文中提出了基于模型的距离以及p距离,采用一种组合的新距离的方式来构建距离矩阵.同时采用直接检测距离矩阵的统计学计分方法以及构建进化树,对比实验结果表明文中的方法实用且有效.

关键词：距离矩阵、核苷酸替换模型、组合距离、进化距离

所属期刊栏目：2

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金60932008,61172098;高等学校博士学科点专项科研基金20112302110040;中央高校基本科研业务费专项资金HIT.ICRST.2010022

在线出版日期：2012-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：35-39,43