基于重叠信息的基因组测序短片段定位算法

摘要：

提出了一种新的测序短片段定位算法Umap,算法引入核心片段逐步扩展延伸的基本思想,通过短片段间的重叠信息定位短片段.首先找出所有在参考基因组上只出现一次的短片段,称为唯一短片段.然后以唯一短片段为基础,利用短片段间的重叠信息,使用贪婪算法对唯一短片段进行扩展,进而确定其他非唯一短片段的准确位置.实验表明,该算法对短片段的定位比现有短片段定位算法更加准确,能够定位的短片段数目更多,匹配的短片段比率达到71%.通过利用客观存在于短片段间的重叠信息,可以更加准确地在参考基因组上对短片段在参考基因组上进行定位,减少模糊匹配.

关键词：短片段、唯一子串、唯一短片段、片段重叠信息

所属期刊栏目：41

分类号：TP311.51(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金资助项目60671018,60771024

在线出版日期：2011-04-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：63-66