一种基于密码子使用偏性的检测型基因芯片设计方法

摘要：

首先预测特定蛋白密码子使用概率表,以确定序列中各氨基酸的编码密码子,这样可以将芯片表面探针的数量减少为原来的4.47%.然后进一步考虑密码子在编码时的C-G选择性分离原则、G-T配对原则,以进一步将芯片表面探针的数量减少至4.25%.在对探针特异性要求不高的情况下,可以采用最优密码子使用概率表,以求最大限度的降低探针的数目,这样芯片表面探针的数量可减少到原来的0.20%.通过上述方法,可以显著提高单位芯片面积的信息检测量.

关键词：特定蛋白mRNA检测芯片、密码子使用偏性、C-G选择性分离原则、G-T配对原则、探针优化

所属期刊栏目：32

分类号：Q755(分子遗传学)

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划G1998051200;国家自然科学基金69525102

在线出版日期：2004-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：581-585