通过生物信息学方法构建系统性红斑狼疮患者的基因表达亚群

摘要：

目的:利用生物信息学方法构建系统性红斑狼疮(SLE)基因表达亚群.方法:从GEO数据库下载GSE121239、GSE65391和GSE154851的微阵列数据集,利用R软件对数据集消除批次效应、聚类共识分组、临床特点分析,使用STRING网站对特异性基因所表达的蛋白质构建蛋白质相互作用(PPI)网络图,筛选枢纽蛋白对应的基因,进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析.结果:共获得1254例SLE样本、124例健康对照样本.PPI网络分析显示节点最多的蛋白分别为:STAT3、TLR4、BRIX1、TLR2;KEGG分析表明:自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、核糖体、线粒体自噬、细胞凋亡、血小板活化、造血细胞谱系、破骨细胞分化、甲型流感等信号通路富集最显著.结论:将SLE患者分成了3个基因亚群,可为该病的诊断、分类及个体化治疗提供潜在的依据.

关键词：GEO数据库、生物信息学、系统性红斑狼疮、基因表达亚群、差异表达基因

所属期刊栏目：7

分类号：R593.24(全身性疾病)

资助基金：云南省卫计委医学学科带头人项目;云南省高校生殖健康研究重点实验室项目;云南省妇产科学研究生导师团队项目

在线出版日期：2022-11-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：60-67