基于MapReduce的基因组组装算法改进

摘要：

生物信息数据的飞速增长需要新的技术引入到该学科，目前的基因组组装算法还存在着精度不高、并行化不足等缺点。对目前组装算法的分析后，提出了基于MapReduce的组装算法，通过统计去除组装过程中的错误数据，通过增加k-mer的长度消除组装过程中的重复数据，最后在MapReduce平台实现了并行组装算法，实验结果表明算法提高了组装的准确度和计算速度。

关键词：基因组组装、高通量测序、de Bruijn、MapReduce

所属期刊栏目：1

分类号：TP309.2;TP399(计算技术、计算机技术)

资助基金：大理大学青年教师科研基金资助项目KYQN201218

在线出版日期：2016-07-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：4-7