黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白的生物信息学分析

摘要：

目的:基于生物信息学方法分析黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白的结构和功能.方法:检索FlyBase数据库中黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白的氨基酸序列,利用不同生物信息学软件对该蛋白质的理化性质、亲水性/疏水性、亚细胞定位、二级结构、结构域、三维结构、蛋白质相互作用及不同物种间同源蛋白进化关系等方面进行分析.结果:黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白全长410个氨基酸,理论分子量为48.3 kDa,理论等电点为9.62,属于MTERF蛋白超家族,不含跨膜区,属于亲水蛋白.DmTTF的二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主.三维建模空间结构与模板蛋白3mvb.1.A的覆盖度为74.0%,且与二级结构预测的结构基本一致.与DmTTF相互作用的蛋白质均为线粒体转录因子或线粒体呼吸链蛋白.黑腹果蝇DmTTF蛋白与家蝇、达氏按蚊编码的同源蛋白的进化距离最小.结论:黑腹果蝇DmTTF蛋白具有线粒体转录终止因子蛋白家族的典型结构,可能参与果蝇线粒体基因的转录调控过程.

关键词：黑腹果蝇、线粒体转录终止因子、生物信息学、结构与功能

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分类号：Q811.4(生物工程学(生物技术))

资助基金：国家自然科学基金资助项目81560458,31260276;云南省教育厅科学研究重点项目2014Z126;云南省昆虫生物医药研发重点实验室开放项目201409;大理学院博士科研启动费项目BSKY2012018;云南省大学生创新创业计划项目201408

在线出版日期：2016-03-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：59-63