斑马鱼软骨内骨化过程中骨骼的转录组测序分析

摘要：

为研究斑马鱼(Danio rerio)骨骼发育时期关键调控基因及复杂的调控网络,采用阿尔辛蓝-茜素红双重染色方法对受精后 50 d(day post fertilization,dpf)和 65 dpf野生型斑马鱼骨骼进行染色,提取 50 dpf和 65 dpf斑马鱼骨骼的总RNA进行转录组测序,对差异表达基因进行筛选并进行GO功能注释和KEGG富集分析.结果表明:50 dpf斑马鱼头骨正在经历软骨内骨化,而 65 dpf斑马鱼软骨内骨化过程基本完成;对 50 dpf与65 dpf斑马鱼骨骼进行转录组测序,共产生41.44×109 个有效数据,存在610 个差异表达基因,相比 50 dpf斑马鱼,65 dpf斑马鱼骨骼中软骨发育相关基因(dlx2a、foxd3 和sec23b)、骨矿化调节基因(ptk2bb)、骨骼细胞分化正调控基因(dlx2a)均下调,表明其骨骼发育已较为成熟,骨细胞分化过程减少,与阿尔辛蓝-茜素红双重染色结果相一致;进一步对这些差异表达基因进行GO功能注释和KEGG富集分析,发现大部分差异表达基因与代谢网络、生殖信号通路相关;随机选取了 6 个差异表达基因进行实时荧光定量qRT-PCR验证,发现这些基因表达趋势与测序结果一致,这表明转录组测序结果真实可信.研究表明,鱼类与哺乳动物一样,其代谢、骨骼和生殖功能三者间存在密切联系,其内在机制为研究斑马鱼骨骼发育与疾病治疗提供了一个新的思路.

关键词：斑马鱼、骨骼、软骨内骨化、转录组测序、GO功能注释、KEGG富集分析

所属期刊栏目：38

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：上海海洋大学水产一流学科支持项目;上海市科委一带一路国际联合实验室项目

在线出版日期：2023-03-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：95-103