红白锦鲤皮肤转录组测序分析

摘要：

为进一步开发红白锦鲤Cyprinus carpio haematopterus肤色基因资源,采用Illumina PE150高通量测序技术对体长为 (28. 34±3. 12) cm的红白锦鲤的白色和红色皮肤组织进行了转录组测序,获得116. 26 Gb Clean Date,并与Nr、 GO、 KEGG、 KOG、 Pfam、 Swiss－Prot、 eggNOG等7个数据库进行BLAST信息比对,共获得10 476个注释基因.结果表明: Nr数据库注释成功比例最高,为35. 62%;通过功能、通路富集分析,差异基因富集在包括激动蛋白细胞骨架调节/黏着斑通路在内的132个代谢途径;随机选取9个差异基因进行qRT－PCR验证发现,红白锦鲤皮肤差异表达基因的表达趋势与RNA－seq定量结果一致,表明转录组测序结果是可靠的.本研究中获得的转录组数据可为今后观赏鱼肤色关键基因开发及功能分析等研究提供基础数据.

关键词：红白锦鲤、转录组、高通量测序、皮肤

所属期刊栏目：34

分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：观赏鱼产业技术体系北京市创新团队建设专项BAIC03;北京淡水鱼种质资源保存项目KJCX20170101

在线出版日期：2019-08-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：475-481