鲤春病毒血症病毒Shlj1株糖蛋白空间结构及其B细胞抗原表位的预测

摘要：

为预测鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp Virus,SVCV)Shlj1株糖蛋白(Glycoprotein,G)的空间结构及B细胞抗原表位,采用RT-PCR法从接种SVCV的鲤上皮细胞悬液提取的病毒总RNA中扩增糖蛋白基因,并通过序列测定获得Shlj1株糖蛋白基因的核苷酸序列及氨基酸序列,利用Phyre2对Shlj1分离株的糖蛋白空间结构进行预测,使用DNAStar软件综合分析糖蛋白的柔性区域、 亲水性、 表面可能性和抗原指数参数.结果表明:获得的SVCV Shlj1株糖蛋白核苷酸序列长1527 bp,推导出其氨基酸序列为509 aa;空间结构预测显示,SVCV Shlj1株糖蛋白存在一定数量的α-螺旋、 β-折叠、 β-转角及大量无规则卷曲结构,空间构象较规则;抗原指数及抗原表位指数分析显示,糖蛋白中存在许多抗原指数较高的区域,该区域平均抗原指数为1.025,最大值达1.250,其中5个区域(4~26、145~157、293~302、315~327、407~491氨基酸区段)可能是B细胞抗原表位的主要分布区域.本研究结果为SVCV糖蛋白表位疫苗的设计及单克隆抗体的制备奠定了理论基础.

关键词：鲤春病毒血症病毒、糖蛋白、空间结构、B细胞抗原表位

所属期刊栏目：32

分类号：S941.41(水产保护学)

资助基金：黑龙江省应用技术研究与开发计划项目 GA13B401

在线出版日期：2017-08-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：440-446