大豆PPR基因家族生物信息学分析

摘要：

为明确大豆PPR基因家族在染色体上的分布、保守结构域、亚族种类、进化关系及表达特征等,采用生物信息学方法,基于Pfam的PPR种子序列模型筛选大豆基因组数据库,获得631个大豆PPR家族基因;利用MEME、ExPASy、TBtools、FigTree等工具对大豆PPR家族基因进行分类,分析各亚族的进化关系和保守结构域差异;筛选各亚族的代表基因,并进一步分析各亚族基因的保守率、等电点、UTR、CDS及基因表达特异性.结果表明:大豆PPR基因家族分为DYW、P、PLS、E/E+亚族以及1个未知亚族,其中DYW亚族为第一大亚族,占总基因数目的57.2％;各亚族基因在染色体上的分布是不均匀的,其内含子数目差异也较大,DYW亚族基因的内含子数目较少,但DYW亚族结构域种类最多,具有在C端出现特有的Motif7和Motif4的显著特征;但大豆PPR家族的各亚族基因表达特异性比较相似,均表现为叶片中高表达,花、根和茎中低表达;而且各亚族中都有大量成员缺失UTR;Glyma.19G095500、Glyma.11G086900、Glyma.02G175900和Glyma.01G158100这4个基因具有独特的Motif8保守结构域,为新的亚族.

关键词：大豆、PPR基因家族、生物信息学分析、进化、系统发育、组织特异性表达

所属期刊栏目：40

分类号：S852.65;Q78;S565.1

资助基金：国家自然科学基金;河南农业大学青年英才项目

在线出版日期：2021-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：177-185