大豆miR164家族的生物信息学分析

摘要：

microRNA164是一个高度保守的miRNA家族,广泛参与植物的细胞和生理过程.本论文旨在采用生物信息学方法,了解大豆miR164基因家族在大豆生长发育及逆境胁迫应答过程中扮演的重要角色,为其在大豆的分子育种和品种改良方面的研究提供理论基础.利用miRNA、Plant MicroRNA Database、PLACE和NCBI数据库以及ClustalX2.0、MEGA 5.0和DNAMAN软件对gma-miR164基因家族的序列情况、染色体定位、靶基因调控功能、启动子元件、二级结构和系统发育树进行生物信息学分析.在miRBase中搜索到11条gma-miR164基因同源序列,分别分布在7条染色体上,其中以位于Chr3上的序列最多,共有3条,位于Chr10和Chr19上各有2条,而在Chr02、Chr09、Chr18和Chr20上各有1条.11个gma-miR164基因家族成员共预测到6个靶基因,均为NAC转录因子.gma-miR164基因家族成熟序列的碱基保守性很高,其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构.启动子中顺式调控元件分析表明,ABRE、DRE、MYB和MYC这4个元件在gma-miR164基因家族启动子序列中分布不均,其中以MYB和MYC元件数目居多.本研究为探寻miR164基因家族在逆境胁迫应答中的调控作用提供了数据基础和理论依据.

关键词：大豆、miR164家族、生物信息学、启动子分析

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资助基金：国家自然科学基金31660295;中国博士后科学基金2015M582741;新疆维吾尔自治区天山英才计划201720085;新疆农业大学校级大学生创新项目dxscx2017001,dxscx2018001

在线出版日期：2018-11-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：704-709