大豆二核苷酸SSR侧翼序列保守性分析

摘要：

从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索.分析表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷重复是SSR的主要类型(65.7%),同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列,同一类型的侧翼序列高度保守,不同类型的侧翼序列之间相似性较小,尤其是非SSR区域可以存在与SSR侧翼序列相同的序列.由上述结果推断SSR引物可能扩增出不含SSR的产物,易位可以产生形成新类型SSR.这一分析结果有助于提高SSR引物设计效率和进一步阐明SSR的形成机理.

机标关键词：大豆、二核苷酸、SSR引物、序列保守性、分析结果、Analysis、max、侧翼序列、blast搜索、主要类型、序列比对、形成机理、设计效率、碱基组成、分布频率、不同类型、新类型、相似性、数据库、分析表

所属期刊栏目：29

分类号：S565.1(经济作物)

资助基金：安徽高校省级自然科学研究重点资助项目KJ2008A089

在线出版日期：2010-06-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：195-198