民猪全基因组序列测定与分析

摘要：

民猪是我国优良地方猪品种,具有高繁殖、耐粗饲、抗逆和肉质优良等特性,但遗传背景模糊.为合理保护和利用民猪资源,利用Illumina Hiseq2000测序平台,采用双末端测序方法,测定10头民猪和4头东北野猪全基因组序列,统计分析SNPs和InDel标记信息,利用NCBI数据库中已知的50个不同个体的SNPs信息作主成分分析并构建分子进化树,使用θπ和Fst两个参数筛选民猪和东北野猪基因组内受选择基因.结果表明,民猪基因组内检测8255874个SNPs,大量的SNPs发生在基因间区及内含子区;与猪dbSNP数据库相比,新发现7739173个SNPs;检测到739647个InDel位点,其中纯合多于杂合位点.民猪在遗传距离上介于亚洲猪种和欧洲猪种之间,说明民猪在品种形成过程中,曾引入欧洲猪血统,东北野猪则与亚洲家猪和亚洲野猪聚为一类,符合其地理分布.民猪基因组内共181个基因受到选择,涉及能量代谢、脂质转运、脊椎及视神经发育等.东北野猪基因组内共411个基因受到选择,涉及神经系统、免疫应答、繁殖、线粒体能量代谢等.

关键词：民猪、SNPs、InDel、主成分分析、分子进化树

所属期刊栏目：49

分类号：S813.3(普通畜牧学)

资助基金：黑龙江省科技攻关项目GC12B311;黑龙江省科研机构创新能力提升专项YC2016D001;国家生猪产业技术体系项目CARS-37

在线出版日期：2019-01-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：9-17