全基因组混合模型关联分析的极速回归扫描法研究

摘要：

在全基因组混合模型关联分析(GWMMAS)中,利用剩余多基因遗传力代替方差比值(剩余多基因方差/误差方差),将多基因遗传力求解限制在(0,1)区间内.引入R语言RcppArmadillo程序包中的极速线性模型拟合函数(fastLmPure函数)快速估计单核苷酸多态性(SNP)效应和完整LMM最大似然值.从由GBLUP估计的性状基因组遗传力出发,逐个高通量SNP的GWMMAS约需4次全基因组回归扫描.当仅关注EMMAX法估计的大效应或高显著水准标记时,GWMMAS运行时间缩短在两次扫描之内.与采用lm函数优化剩余多基因方差比的FaST-LMM法相比,极速回归扫描法可成倍提高GWMMAS计算效率.计算机模拟试验证实新方法统计和计算效率,运用极速回归扫描法可高效定位与牙鲆生长性状相关基因位点.

关键词：全基因组混合模型关联分析、极速线性模型拟合函数、微效多基因遗传力、最大似然估计、基因组回归扫描

所属期刊栏目：49

分类号：Q348(遗传学分支学科)

资助基金：中国水产科学研究院基本科研业务费专项资金资助项目2017A001;国家鲆鲽类产业技术体系CARS-50-G02

在线出版日期：2018-08-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：58-66