番茄CIPK基因家族鉴定及生物信息学分析

摘要：

为挖掘番茄中CIPK基因家族成员序列信息,以拟南芥CIPK基因家族成员氨基酸序列为参照,用tBLASTn方法鉴定22个番茄CIPK基因家族成员,分析其理化性质.MEGA软件构建系统进化树、GSDS软件绘制番茄CIPK基因家族结构图.plantCARE对CIPKs上游1 500 bp顺式作用原件作功能预测.运用STRING软件探究番茄中CBL与CIPK基因家族互作情况,分析冷胁迫下番茄转录组数据确定番茄CIPKs表达情况.根据系统进化关系发现CIPK基因家族可分为八个亚组,每个亚组中均含番茄CIPK成员,存在多个平行同源基因对.SlCIPK基因分为内含子富集(11～14)和少内含子缺失(0～1)两类.经鉴定,在番茄CIPKs基因的上游1 500 bp序列中存在不同顺式作用元件,预测番茄CIPK基因家族在逆境胁迫中可能发挥作用,且番茄CBL-CIPK存在较多互作通路,可能在低温胁迫下发挥作用.研究结果为揭示CIPK家族成员生物学功能奠定基础.

关键词：番茄、CIPK基因家族、生物信息学、遗传进化

所属期刊栏目：49

分类号：S641.2

资助基金：国家重点研发计划项目2017YFE0105000;黑龙江省现代农业产业技术协同创新体系岗位专家项目

在线出版日期：2018-05-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：31-38