黄瓜抗霜霉病相关EST-SSR的信息分析

摘要：

对霜霉病菌诱导的黄瓜cDNA文库测序获得的3091条ESTs进行分析,经过除前处理和拼接后得到2 507条Unigenes.应用生物信息学方法,对黄瓜抗霜霉病相关EST-SSRs的分布频率和碱基重复特点进行了归纳及分析.结果表明,2 507条Unigenes中共检索到231个EST-SSR,出现频率为7.47％,平均分布距离为4.58 kb.EST-SSRs包括51种重复单元,以二核苷酸和三核苷酸重复基元为主,二者分别占总SSRs的59.74％和34.63％,在EST中的总出现频率分别为4.46％和2.59％,二核苷酸的重复基元以TC/AG为主,三核苷酸重复基元以TCT所占比例最高.研究结果为黄瓜EST资源开发和黄瓜抗霜霉病基因遗传标记奠定了基础.

关键词：黄瓜、霜霉病、EST-SSR、重复基元

所属期刊栏目：42

分类号：S642.2

资助基金：国家“863”计划项目2007AAI0Z177;黑龙江省博士后专项科研基金资助项目LBH-Z07213;黑龙江省归国留学基金LC08C34;东北农业大学自然科学基金

在线出版日期：2012-03-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：52-57