基于干旱胁迫下杉木转录组序列的EST-SSR分子标记开发

摘要：

利用干旱胁迫下杉木转录组数据进行杉木 EST-SSR分子标记的开发.对干旱胁迫下的杉木组培材料在Solexa mRNA-Seq平台的二代高通量测序技术下进行了转录组测定,序列拼接后共得到75357个片段,总长度65.29 Mb,共含有EST-SSR位点2383个,其中三核苷酸重复类型数量最多,占总数的41.21 %.随机挑选120个EST-SSR,用Primer Premier 5软件设计引物,再以遗传距离较远的8份杉木DNA样品为模板,通过8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,从120对引物中初选出电泳条带较好的24对引物,用24份杉木DNA样品进行毛细管电泳检测.结果表明:在初选出的24对EST-SSR引物中有23对引物检测出特异性峰;在24份杉木样品中共检测到等位基因94个,平均每个位点4.0870个,等位基因变异数范围2~9个;有效等位基因数范围1.0868~6.9143个,平均有效等位基因2.0890个;观测杂合度范围0.2500~1.0000;期望杂合度范围0.0824~0.8961;多态性信息指数范围0.1732~2.0353.开发得到的一组杉木EST-SSR分子标记为研究杉木的遗传多样性、种群结构、DNA指纹数据库构建和遗传信息的保存提供了基础.

关键词：杉木转录组、EST-SSR标记、毛细管电泳、多态性

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分类号：S791.27(森林树种)

资助基金：广东省科技计划项目2016 B020201002;国家"863"重点项目2011AA100203;中央高校基本科研业务费专项资金项目2015ZCQ-SW-03;国家林业局重点项目2012-06;国家自然科学基金项目31400562

在线出版日期：2018-03-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

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