DNA序列中基于后继数组索引的SATR查找算法

摘要：

研究了基因序列分析中的DNA序列相似性重复片段的查找问题.在对重复片段的相似性衡量进行分析之后,基于海明距离提出了新的相似度衡量标准模式相似度和片段相似度,并在此基础上提出了一个新的相似性重复片段的定义SATR(segment-similarity based approximate tandem repeats).在进行SATR的查找时,采用了一个轻量级的索引后继数组,并设计出在后继数组上进行SATR查找的算法.实验评估和性能分析表明,基于后继数组的SATR查找算法在查找结果和查找时间上都要优于其他同类方法.

关键词：DNA序列、相似性重复片段、片段相似度、SATR、后继数组

所属期刊栏目：28

分类号：TP311(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金60273079;60473074

在线出版日期：2007-03-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：184-188