生物效应大数据评估聚类算法的并行优化

摘要：

生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标.基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式.综合考虑了MPI、OpenMP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析(GSEA)比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力.

关键词：GSEA、聚类、MPI、OpenMP

所属期刊栏目：4

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家重点研发计划基金资助项目2017YFB0202603,2017YFC1311003,2016YFC1302500,2016YFB0200400,2017YFB0202104;国家自然科学基金资助项目61772543,U1435222,61625202,61272056;广东省科学技术厅基金资助项目2016B090918122;化学生物传感与计量学国家重点实验室基金

在线出版日期：2018-06-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：24-36