基于转录组数据高通量发掘灰茶尺蠖微卫星标记

摘要：

灰茶尺蠖Ectropisgrisescens是一种重要的茶树害虫,在我国主要产茶区均有分布.为高通量发掘该虫的SSR标记,利用MISA软件对灰茶尺蠖转录组中66468条unigenes进行SSR检测.结果显示,共找到18339个SSR位点,出现频率为27.59％.这些SSR位点分布在13465条unigenes中,分布频率为20.26％.单核苷酸是主要重复类型,占SSR总数的68.14％.灰茶尺蠖转录组SSR中共发现84种重复基元,其中单核苷酸重复基元A/T出现频率最高,占总量的65.47％.10次重复的SSR数量最多有6822个,占总SSR的37.20％;其次是11次重复的为2526个,占13.77％.本研究表明灰茶尺蠖转录组中SSR位点数量大、出现频率高、基元类型极丰富,这些信息将为今后更好地利用SSR标记研究灰茶尺蠖种群遗传多样性、种群起源演化和害虫综合治理等提供参考.

关键词：灰茶尺蠖;SSR;转录组;重复基元

所属期刊栏目：62

分类号：S435.711(病虫害及其防治)

资助基金：福建省属公益类科研院所基本科研专项;福建省农业科学院科技创新团队;国家茶叶产业技术体系项目

在线出版日期：2022-01-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：191-197