茶树EST-SNP分布特征及标记开发

摘要：

对NCBI网上公开的12757条茶树ESTs序列进行聚类,成功构建了茶树的独立基因(Unigene)数据库,发现茶树的EST序列冗余率约为68.2％.初步建立了茶树EST-SNP标记开发体系,明确了茶树EST中SNP的分布规律,茶树编码区的SNP发生频率约为0.58％,平均200bp就有1个SNP位点,并进一步推算出茶树基因组DNA序列的杂合率约为0.38％,平均300个碱基就可能出现1个杂合位点.从237个多基因聚类簇中发现了818个SNP候选位点,设计了25对SNP引物进行DNA重测序验证,发现EST-SNP候选位点的多态检出率为75％.

关键词：茶树、表达序列标签、单核苷酸序列多态性

所属期刊栏目：32

分类号：S571.1;Q52

资助基金：现代农业产业技术体系建设专项资金nycytx-23;浙江省自然科学基金X307603;浙江省茶产业技术创新战略联盟专项资金

在线出版日期：2013-09-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：369-376