胃癌中IBSP基因表达及预后的生物信息学分析
目的:通过生物信息学分析筛选出胃癌和正常胃黏膜间差异表达基因,分析并预测其在胃癌发生发展及预后中的价值.方法:从癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载胃癌患者RNA-seq数据,使用软件R-Studio筛选差异表达基因,运用DAVID进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,研究PI3K-Akt通路中表达差异最明显的基因,通过网站UALCAN对其进行表达量及临床病理特征分析,利用在线网站STRING构建蛋白互作网络,同时利用Kaplan-Meier Plotter在线分析其与胃癌患者预后的相关性.结果:共获得5 704个差异表达基因,包括1 225个上调和1 479个下调的蛋白编码基因;KEGG通路分析确定骨涎蛋白(integrin binding sialoprotein,IBSP)为目的基因;IBSP基因在胃癌组织中明显高表达(P＜0.001);且与胃癌患者的临床病理特征及不良预后明显相关(P＜0.05).结论:IBSP基因作为胃癌中潜在的癌基因,可能通过PI3K-Akt信号通路调控胃癌的早期进展,进而导致胃癌患者预后不良,有望成为胃癌新的临床诊断和预后标志物.
胃癌、IBSP基因、差异表达基因、预后、生物信息学分析
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R573(消化系及腹部疾病)
国家自然科学基金;安徽省高等学校自然科学研究项目;安徽省高等学校自然科学研究项目;安徽省高等学校自然科学研究项目;研究生创新项目
2020-10-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共7页
1262-1268
