大麦种子萌发lncRNA-miRNA-mRNA差异表达分析及ceRNA调控网络构建

摘要：

为解析长链非编码RNA(lncRNA)、microRNA(miRNA)和mRNA如何在ceRNA互作模式下调控大麦种子萌发,揭示大麦(Hordeum vulgare L.)种子萌发转录水平分子调控机制,基于大麦种子萌发相关的RNA-Seq数据,共鉴定出6447个差异表达的mRNA,661个差异表达的lncRNA,310个差异表达的miRNA;对差异表达的mRNA和lncRNA进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析,各鉴定到1个与大麦种子萌发高度相关的共表达模块.模块内相关基因涉及水分响应、胚发育等生物学过程,以及MAPK信号转导、植物激素信号转导等信号通路.通过对lncRNA/mRNA和miRNA进行靶基因预测,得到 168个miRNA-mRNA靶基因对以及310个miRNA-lncRNA靶基因对,进而构建了包含2个子网络的ceRNA调控网络,发现有16个miRNA、38个lncRNA以及18个mRNA可能具有ceRNA功能.最后,利用qRT-PCR验证了 2个关系对:HORVU0HrlG039470-miR2611-MSTRG.21252 以及 HORVU6HrlG031480-miR1858-MSTRG.23227.

关键词：大麦(Hordeum pulgare L.)、种子萌发、内源竞争性RNA调控网络、lncRNA、mRNA、miRNA

所属期刊栏目：19

分类号：Q786;S512.3(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金HvDGAT1;31901438

在线出版日期：2022-11-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：94-102