青海草原毛虫转录组分析及SSR位点开发

摘要：

青海草原毛虫(Gynaephora qinghaiensis)是青藏高原牧区重要的害虫之一.本研究采用Illumina HiSeqTM 2000高通量测序平台对青海草原毛虫成虫和4龄幼虫进行转录组测序,在此基础上筛选其微卫星(Single sequence reperts,SSR)位点并挖掘微卫星引物.本研究共获得63 335条unigenes,有12 597个微卫星位点分布于9 851条unigenes中.通过KOG,GO注释和KEGG通路数据库分析发现,unigenes注释主要集中于一般功能预测、细胞进程和碳水化合物代谢过程.SSR重复类型主要为单核苷酸和二核苷酸重复,(A/T)n是单核苷酸重复中最主要的基元类型,占总SSR位点的71.37％,(AC/GT)n为二核苷酸重复的优势基元,占总SSR位点数的6.06％,且SSR数量随重复次数增加而降低,重复次数类型随基元序列长度增长而减少.利用Primer 3软件设计出2 714对青海草原毛虫SSR引物,随机挑出25对引物进行PCR验证,有11对引物扩增出目的DNA片段.本研究基于转录组数据成功筛选出青海草原毛虫微卫星位点,为进一步研究其种群遗传学和发生动态提供数据支撑.

关键词：青海草原毛虫、转录组分析、微卫星、分子标记

所属期刊栏目：31

分类号：S153(土壤学)

资助基金：青海省科技厅青年基金项目2022-ZJ-949Q

在线出版日期：2023-10-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：2653-2662