基于全长转录组的盐生草WRKY基因家族的鉴定及其盐胁迫响应模式分析

摘要：

WRKY是一类植物特有的转录因子,尤其在植物生长、发育和逆境过程中起到至关重要的作用.为了鉴定盐生草WRKY基因家族成员、揭示其进化关系及探究HgWRKYs基因在盐胁迫下的表达响应模式,本研究基于盐生草全长转录组数据,利用生物信息学方法对其WRKY转录因子进行鉴定与分析,并通过qRT-PCR方法检测了HgWRKYs家族成员在盐胁迫下的相对表达量.结果表明,在盐生草转录组中共鉴定出31个HgWRKYs,氨基酸数介于220～611 aa,其蛋白N端均具有完整的WRKYGQK保守序列;除HgWRKY20和HgWRKY21同时分布于细胞核和线粒体外,其余HgWRKY基因均位于细胞核;系统进化分析将其分为Ⅰ(8个)、Ⅱ(22个)、Ⅲ(1个)三类,第Ⅱ类进一步分为Ⅱ-a(1个)、Ⅱ-b(2个)、Ⅱ-c(1个)、Ⅱ-d(15个)和Ⅱ-e(3个)5个亚类;Motif 1和Motif 2是HgWRKYs基因家族的特征基序,在进化过程中较为保守.qRT-PCR结果表明,HgWRKYs主要在根系中表达,具有组织特异性,其中HgWRKY19、HgWRKY23和HgWRKY27基因在24 h的表达量最高,将其作为盐胁迫响应候选基因,以期为后续研究盐生草WRKY基因响应盐胁迫的分子机制提供依据.

关键词：盐生草、WRKY基因家族、盐胁迫、生物信息学

所属期刊栏目：31

分类号：TP311;S512.1;S852.61

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;现代农业产业技术体系;甘肃省教育厅产业支撑计划项目;甘肃省自然基金项目;甘肃农业大学伏羲青年英才计划;甘肃农业大学国家级大学生创新创业训练计划重点支持领域项目

在线出版日期：2023-01-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：146-157