基于流式细胞法和K-mer分析法检测沙鞭基因组大小

摘要：

禾本科沙鞭属仅包含沙鞭一个种.沙鞭具有根茎繁殖、克隆整合等典型沙生植物特征,是我国内蒙古高原非固定沙地的建群种.本研究采用流式细胞术和K-mer分析方法测定沙鞭基因组大小,建立和优化以芨芨草为内参物种、青海固沙草和方穗山羊草为外参物种的二倍体植物DNA含量(DNA C值)测定体系.研究结果表明:1)沙鞭流式细胞峰值荧光是青海固沙草的2.54倍,是芨芨草的1.35倍,峰值信号远小于方穗山羊草,推测沙鞭基因组大小约为1580.10±5.02 Mb;2)K-mer分析结果表明,沙鞭基因组大小为1563.54 Mb,杂合率1.15％,重复序列比例为66.27％,基因组GC含量为43.4％,属于高杂合、高重复的复杂基因组;3)沙鞭基因组可使用PacBio平台CLR或HiFi模式进行三代测序,测序深度应不低于20×.沙鞭基因组大小的准确测定不仅补充了禾本科针茅族植物的DNA含量数据,同时也为沙鞭基因组测序、进化基因组研究、种质资源开发和利用以及遗传资源保护提供了数据参考,可为针茅族近缘物种基因组大小测定提供借鉴.

关键词：基因组大小、DNA C值、流式细胞术、基因组survey测序、K-mer分析

所属期刊栏目：31

分类号：R730.52;R285.5;Q94

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;青海省自然科学基金面上项目

在线出版日期：2023-01-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：133-145