基于刚毛柽柳转录组测序的EST-SSR标记识别与开发

摘要：

表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础.通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性EST-SSR位点.其中,三核苷酸重复数目最多(54.42％),其次是二核苷酸重复(37.66％).分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′U T R s中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率最高;含多态性SSRs的基因序列主要被注释到"调节转录"、"转录因子活性"、"细胞核"等GO条目,以及"代谢途径"和"植物激素信号转导"等KEGG代谢通路;通过PCR扩增、测序及毛细管电泳验证,从15个随机挑选的SSR位点中开发出13个多态性SSR标记.本研究为开展刚毛柽柳的种群遗传学和SSR变异相关的适应进化机理研究奠定了基础.

关键词：刚毛柽柳、高通量测序、EST-SSR、标记开发、功能注释

所属期刊栏目：38

分类号：TP391.41;R446.6;TP751

资助基金：国家林业;草原局林业科技发展项目;新疆维吾尔自治区自然科学基金

在线出版日期：2021-05-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：630-639