基于采后转录组的香菇密码子偏好性分析

摘要：

以香菇基因组数据为基础,对其细胞核基因组的密码子偏好性及偏好性形成因素进行分析.香菇细胞核编码基因的GC含量为48.66％,同义密码子第3位中碱基T(T3s)的出现频率最高(36.07％),同时高表达基因的GC、GC3以及GC3s含量均显著高于基因组水平;相关性分析结果显示基因表达与序列C3s含量、GC3、GC3s、GC含量、C含量以及CAI呈显著正相关;香菇基因组编码序列中共29个高频密码子,结合转录组筛选高表达和低表达基因的基础上鉴定出16个最优密码子;偏好性形成影响因素分析表明,香菇基因组密码子偏好性形成受中性突变和选择压力影响.本研究可以为采后香菇关键基因功能解析,开展香菇采后品质劣变机制研究提供参考.

关键词：香菇、细胞核基因组、密码子偏好性、影响因素、最优密码子

所属期刊栏目：22

分类号：S646.1+2;Q78

资助基金：国家自然科学基金;山西省应用基础研究计划项目;山西农业大学博士启动基金;农业部重点实验室开放基金

在线出版日期：2022-09-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：8-15